حکومت طالبان اتهام امریکا مبنی بر دست داشتن اداره اطلاعات در ناپدید شدن محمودشاه حبیبی، تبعه افغان را رد کرد. به گفته ذبیح‌الله مجاهد، سخنگوی طالبان، پس از دریافت شکایت خانواده حبیبی، نهادهای مسئول تمام ارگان‌های مرتبط را بررسی کرده‌اند و هیچ نشانه‌ای از بازداشت وی توسط نهادهای دولتی یافت نشده است. وی تصریح کرد که همه نهادها، از جمله اداره استخبارات، بر اساس قوانین شریعت، متعهد به رعایت حقوق زندانیان و تحویل آن‌ها به مراجع قضایی در زمان مقرر هستند. طالبان همچنین اعلام کرد که کمیته‌ای دائمی برای پیگیری افراد ناپدیدشده با همکاری نهادهای امنیتی و اطلاعاتی فعال است.